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Le conseil de laboratoire est un organe de décision du laboratoire qui se réunit généralement une fois par mois. Il participe à la politique du laboratoire en débattant et en votant différents points stratégiques. Il est constitué du Directeur du Laboratoire, du ou des Directeur(s) Adjoint(s) sans droit de vote, de représentants élus et potentiellement de membres nommés (jusqu’à 2 membres supplémentaires parmi les membres du Laboratoire).
Les membres élus le sont dans les quatre collèges suivants :
- Collège A : Professeurs des Universités et Directeurs de Recherche : 4 élus ;
- Collège B : Maîtres de Conférences, Chargés de Recherche et assimilés (ATER, docteurs,...) : 4 élus ;
- Collège C : Personnels BIATSS : 1 élu et 1 suppléant ;
- Collège D : Doctorants : 1 élu et 1 suppléant.
La durée du mandat des élus des collèges A, B et C est de cinq ans, renouvelable, celle des élus du collège D est d’un an renouvelable une fois.
Il existe également un Conseil Élargi de Laboratoire constitué des membres du Conseil de Laboratoire, élargi aux membres du Laboratoire habilités à diriger des recherches ou assimilés qui a un rôle consultatif. Il peut être consulté par le Directeur sur tous les aspects de la politique de recherche du laboratoire et de sa mise en œuvre.